cuenta la leyenda que fue hijo de un indígena quechua, Luis Chuzig (lechuza), procedente de Cajamarca de una familia de picapedreros, quien se instaló en Quito la capital del Ecuador como asistente del sacerdote y médico José del Rosario. Su madre, Catalina Aldás, era una mulata nacida en Quito. Al contrario de lo que se piensa Luis Chuzig, no solo fue un simple picapedrero o asistente de José del Rosario, fue además y por sus propios medios un indio culto, que aprendió a leer gracias a la ayuda de Don Luis Benítez de la Torre, Cura y Vicario de Cajamarca, quien a escondidas, instruyó a Luis "Chuzig", ya que en esa época era prohibido, que los indios sepan leer, y este en agradecimiento utilizó el apellido "Benítez", mismo apellido con el que contrajo matrimonio con Catalina Aldás. El origen de apellido "Santa Cruz y Espejo" no está aun esclarecido, pero se cree, que fue impuesto por algún español, ya que en esa época, todos los indios evangelizados, se les asignó nombres y apellidos cristianos.¹ Francisco Javier Eugenio de Santa Cruz y Espejo, aprendió sus primeras letras en casa de sus padres y luego, supuestamente, en una escuela católica para niños pobres. Sin embargo, existe controversia sobre el origen del sabio quiteño, pues existen documentos que comprueban que el nombre familiar de Espejo, lo llevaba ya el padre de Eugenio, quiteño, e incluso su abuelo, español. Es más, la inscripción de nacimiento de Eugenio de Santa Cruz y Espejo, está dada como tal, y ubicada en el libro de blancos, hecho imposible de consumar para un indígena, por influyente que fuera, ya que el sistema de castas de la Colonia lo prohibía explícitamente. Pero también, podría existir evidencia que María Catalina Aldás Larraincar o Larrinzar, no era mulata, sino de origen español hecho del que se valieron sus padres para poder inscribirlo en uno de los más prestigiosos colegios de Quito "El Colegio de San Luis" para el efecto, María Catalina Aldás, presentó su partida de nacimiento.¹ Por otro lado, una vez inscrito desde muy temprana edad en colegios exclusivos de la aristocracia quiteña, llego a ser electo representante de sus compañeros en varias ocasiones. De esta época data su probable y único retrato conocido, en compañía de su clase.
Según algunos historiadores que defienden la historia romántica de Espejo, a él le fue muy difícil abrirse paso dentro la clasista sociedad colonial, pero consiguió doctorarse en medicina en 1767 y poco después también en jurisprudencia y derecho canónico. Dentro la sociedad quiteña se convirtió en el eje de la vida cultural y propagador de ideas progresistas, con un considerable apoyo por parte de la aristocracia criolla. En 1779 publica su primera gran obra, El Nuevo Luciano de Quito una crítica terrible a todos los problemas y deficiencias de la vida cultural en la Real Audiencia de Quito. Fue acusado de ser el autor de un texto que aplaudía el levantamiento de Túpac Amaru y Tupac Catari. Su activismo cultural acabó enfrentándolo a las autoridades, que lo procesaron en la capital del virreinato, Bogotá, pero este hecho contribuyó a aumentar aún más su prestigio; ya que salió libre de todo cargo.
Hijo de un indio cajamarquino, que había llegado a Quito como paje de un fraile y de una mula­ta cuya madre había sido esclava de otro reli­gioso. Ni siquiera poseía apellidos propios. Los de sus padres, que él recibió, eran apelli­dos adoptados. El indio se hacía llamar Luis de la Cruz Espejo. La mulata, Catalina Aldas y Larraincar. Alguien que quiso denigrarlo, un cura del poblado de Zámbiza, le echó en el rostro la humildad de tal origen, y dejó así es­te chisme para la posteridad: "es constante que su padre, Luis Chuzhig por apellido y mu­dado en el de Espejo, fue indio oriundo y na­tivo de dicha Cajamarca, que vino sirviendo de paje de cámara al Padre Fray José del Ro­sario, descalzo de pie y pierna, abrigado con un cotón de bayeta azul y un calzón de la misma tela".
El antiguo peón de Cajamarca puso todo empeño y apti­tud en convertirse en cirujano de aquel centro de salud. De lo que hay que hablar con admiración es más bien de la manera con que educó y formó a su hijo Eugenio Francisco Xavier. Batallando con circunstan­cias desalentadoras, aflictivas, estimuló tem­pranamente las facultades intelectuales de és­te. Alimentó su vocación médica, originada sin duda en el ambiente del hospital, en don­de el pobre vástago indio pasó los años de la niñez y la adolescencia. Y cuya culminación no fue solamente la de un título de doctor en medicina, sino la de la forja de una sólida per­sonalidad de investigador. Ella está explícita en el mejor de sus libros: "Reflexiones acerca de las viruelas".
Aquel hijo de indio y de mulata, desti­tuido hasta de apellidos propios, debió sopor­tar la adversidad de un medio que discrimi­naba tercamente los grupos sociales siguien­do los prejuicios de la sangre y el dinero. A veces usaba nom­bres supuestos para firmar sus libros. No podemos suponer cómo fue el aspecto verda­dero de tal hombre. Su fisonomía y su figura. Aun a pesar del breve autorretrato que él es­cribió. Los óleos y bronces que ahora preten­den mostrarnos su imagen son una pura in­vención del artista.
Eugenio Francisco Xavier Espejo no pudo menos que sufrir el conflicto psicológico que eso produ­cía. Se lo advierte en sus actitudes y confesio­nes. Intentaba hacer valer el abolengo espa­ñol de los allidos Aldas y Larraincar de su madre, sin querer recordar que ésos fueron apellidos adoptados. O pasados ya diez años de la aparición de "El Nuevo Lucia­no de Quito", el Presidente de la Audiencia José de Villalengua y Marfil todavía lo juzga­ba acremente, diciendo que contenía "sátiras a sujetos muy conocidos y de clase muy dife­rente a la de Espejo". ¡Siempre la torpe acusa­ción a la humildad de su origen! Y en 1810, quince años después de su muerte, las autoridades españolas seguían recordándolo con amargo resentimiento. A un hombre de aquella condición social, determinada por la pobreza de su origen, que además se atrevía a opinar con desenfado crítico sobre el estado de las colonias, tenían las autoridades que hacerle víctima hasta de un desdén póstumo. Y así su defunción fue registrada en el libro de indios y negros que mantenían aquellos feroces guardianes de castas y de clases.
El doctor Espejo también soportó cárceles. Fue tratado como un "facineroso". Se trató de confinarlo en las selvas con pretexto de una expedición científica. Se lo enjuició hacién­dole responsable hasta de hechos y papeles que nunca se comprobó que le eran realmen­te imputables. El aclaró su posición sin cobar­día. Reconoció la paternidad de libros de que se enorgullecía. Tuvo que ir a defender­se ante el propio Virrey, en Bogotá, en donde estableció amistad con dos jóvenes colombianos que habrían de honrar a toda Hispanoamérica como Anto­nio Nariño, el primer traductor en lengua cas­tellana de la Declaración de los Derechos del Hombre, y el científico Francisco Antonio Zea.

Política y actividades literarias

Fue nombrado primer director de la biblioteca pública, compuesta por más de 40.000 volúmenes procedentes de los fondos de la Compañía de Jesús, recientemente expulsados. También publicó importantes trabajos de medicina, como las Reflexiones acerca de las viruelas (1785),² el cual se convertiría en el primer texto científico que refería la existencia de microorganismos (inclusive antes que Louis Pasteur) y que definiría como política de salud conceptos básicos en la actualidad como la asepsia y antisepsia de lugares y personas. Más adelante colaboró en la creación de la Sociedad Patriótica de Amigos del País de Quito de la que fue designado secretario³ , a semblanza de las otras que comenzaban a surgir en España y en las colonias y, sobre todo, editó el primer diario de la ciudad: Primicias de la Cultura de Quito (1792). Por su actividad de denuncia continua fue nuevamente encarcelado, después de 11 meses lo dejaron libre para morir tranquilo en su casa el 27 de diciembre de 1795 a causa de disentería.
La leyenda carece de cierta logica debido a que ningun indigena podia sacar titulo en aquellos tiempo, es mucho mas posible pensar que parte del origen de Espejo sea mas una historia inventada como leyenda que es, es mas factible creer que su padre no era indigena, ni su madre mulata, ya que todo esto se hizo para exaltar el espiritu indigena.

Pensamiento

Su pensamiento es una adaptación de ideas ilustradas en el entorno colonial de la Audiencia. Sus ideas promovían la igualdad de todos los ciudadanos y nacionalización de las propiedades eclesiásticas. En su ideario aparecía por primera vez la igualdad de los indígenas con los criollos (ideal que quedó eliminado en los procesos de independencia) y también por primera vez planteaba los derechos de la mujer.
En Ecuador se considera que fue el primero en afirmar la necesidad de una emancipación de España y en proclamar la individualidad del país y, en general, de toda América; y que sus ideas, si bien modificadas en algunos aspectos importantes, inspiraron a los revolucionarios del 10 de agosto de 1809.
En cambio, autores como Efren Aviles Pino indican que Siempre se ha dicho que Espejo es el precursor de la independencia, pero no es así. Espejo sí fue un revolucionario ya que a través de sus escritos y publicaciones procuró reformar las estructuras sociales y políticas de esa época.